Les Campylobcater sont des bactéries gram négatif mobiles, micro-aérophiles dont la morphologie incurvée, en "S" typique, explique l'origine du nom (du grec Kampulos = incurvé). Ce genre regroupe une trentaine d'espèces variées aux habitats hétérogènes. Quatre espèces sont pathogènes et responsables de toxi-infections alimentaires (Campylobacter jejuni subsp. jejuni, C. lari, C. coli et C. upsaliensis).
Les Campylobacter pathogènes sont thermotolérants ce qui permet de les distinguer au cours de l'analyse. La discrimination des espèces n'est pas aisée et peut nécessiter l'utilisation d'un spectromètre de masse (MALDI-TOF).
La campylobactériose est une des premières infections alimentaires en France et en Europe.
Le nom de staphylocoques à pour origine son aspect en grappe observable au microscope. Ces bactéries sont isolées à partir d'infection purulentes chez les patients dès la fin du XIXème siècle. La première toxi-infection alimentaire collective documentée date quant à elle des années 1920. Les staphylocoques sont ces coques gram+ catalase + isolés, en paires ou en amas, Staphylococcus aureus formant notamment des groupements en forme de "grappe de raisin". Staphylococcus aureus est le principal responsable de TIAC bien que d'autres espèces aient été identifiées au cours d'épisodes toxiques .
C'est à la suite d'épidémies de gastroentérites survenue dans les années 1950 en norvège de la Bactérie a été détectée. Génétiquement Bacillus cereus au sens strict est très proche d'autres espèces de ce que qu'on appelle "le Groupe Bacillus cereus" : B. anthracis, B. thuringiensis, B. mycoïdes, B. pseuomycoïdes, B. weihenstephanensis et B. cytotoxicus. Attention, anthracis, cereus et thuringiensis représentent en fait la même espèce que l'on peut différencier par des facteurs de virulence. Ces facteurs de virulence sont portés par des plasmides, leur présence n'est donc pas systématique. Au sens strict B. cereus forme de gros bacilles (1µm x 5µm, voir plus en fonction des conditions culturales) gram + formant des spores subterminales non déformantes. Ils peuvent se développer en aérobiose comme en anaérobiose. La bactérie résiste à un traitement de pasteurisation grâce à ses spores. A noter que Bacillus cereus sensus lato est également utilisé dans le cadre de la lutte biologique contre les insectes.
Isolée pour la première fois par Theodor Escherich en 1885, le nom définitif d'Escherichia coli ne sera attribué qu'en 1987. Il s'agit de l'espèce principale de la microflore intestinale considérée comme non pathogène. Toutefois certaines souches dites entérohémorrhagiques (ou STEC pour Shiga Toxin E. Coli) sont responsables de toxi-infections graves notamment chez les enfants. L'espèce appartient à la famille des entérobactéries. Elles mesurent 1 à 2 µm de longueur et peuvent se développer en aérobiose comme en anaérobiose. Elle ne résiste pas à un traitement de pasteurisation.
